扩增子分析数据库——RDP入门

RDP是另一个核糖体RNA数据库

RDP（The Ribosomal Database）数据库收录和提供核糖体RNA相关的数据信息（细菌和古菌16S rRNA序列和真菌28S rRNA序列），同时提供一系列在线序列分析工具，包括扩增子分析、rRNA进化树分析、rRNA序列的比对和注释分析等。

RDP数据库最新更新版本为RDP Release 11.5，于2016年9月30日更新，包括3,356,809条细菌和古菌16S rRNA序列注释信息，125,525条真菌28S rRNA序列注释信息。

RDP主页：http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp

数据查询及获取

1） RDP主页Hierarchy Browser板块可以浏览到物种序列的收录情况，同时还可以根据需要下载相应的数据（右上角download）：

2）RDP主页Resource板块Release Alignment可以查询到数据下载包：

RDP数据库特色功能

RDP提供丰富多样性的线上分析工具

每一个版块设有详细的帮助文档（help）以及演示视频（vedio tutorial），感兴趣的小伙伴可以通过阅读帮助文档或观看演示视频完成操作。下面对几个功能做简单介绍。

1 Classifier：序列注释分析

  Classifier可以完成对输入序列的注释和数据中所含某物种序列条数的计算。以下为该功能的官网介绍链接。   

  http://rdp.cme.msu.edu/help/CLflash/ClassifierFlashCC.html

2 Library Compare

  该功能可以实现两个扩增子序列数据样本的注释和差异比较，给出两个样品数据在同一物种水平注释到的序列数并进行统计学分析。

3 Fungene

RDP的FunGene版块不仅整合环境功能基因序列数据库，收集了包含Antibiotic resistances，Plant Pathogenicity，Biogeochemical cycles，Phylogenetic markers，ARGs-Resfams，Biodegradation，Metal Cycling等在内的功能基因序列信息，也为研究者提供了可实现在线比对分析的“FunGene Pipeline”流程。

4 Rdpipline

该版块包含了各种扩增子高通量测序数据的数据处理和分析工具，少量数据集可以注册账号后在线提交数据进行分析。

除以上功能之外，我们可以在RDP网站获得自己的myRDP账户，进行数据上传、管理和分析，可以通过ProbeMatch分析引物的覆盖度，通过Tree Builder进行进化树构建等。

RDP数据库数据收录数据没有Silva那么全面，主要包含16S rRNA、28SrRNA序列信息，同时还整合了ITS和功能基因等序列，在2016年后暂无更新。其序列整合方式较优，数据浏览提供了模式种、序列长度、序列质量等可选项，提高了数据准确性，方便使用者的查找和下载。

RDP提供了多种方便的在线分析工具以及优质的扩增子分析流程等开放资源，可作为环境微生物测序分析辅助工具。