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湖泊超微真核藻全基因组测序

发布日期:2020-08-30 16:56:33 浏览次数:840

2020年8月,中国科学院南京地理与湖泊研究所史小丽研究团队在BMC Genomics上发表文章《Genome analyses provide insights into the evolution and adaptation of the eukaryotic Picophytoplankton M.homophaera》,我公司对该文章进行深入解读。

研究团队基于流式细胞分选技术及划线分离法,成功获得M.homophaera藻株,并对分离自典型富营养化湖泊巢湖的超微真核藻M.homophaera的核基因组及其细胞器进行PacBio三代测序,首次完成湖泊超微真核藻全基因组测序工作,并揭示了M.homophaera对富营养化湖泊的适应及进化机制。

研究主要成果包括:


1)构建M.homophaera系统发育树,验证其系统发育地位。

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1 M.homophaera基于18S rDNA构建系统发育树


2分析发掘M.homophaera核基因组及其细胞器基因组结构特征。

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2 M.homophaera及其同源物种核基因组、细胞器基因组结构特征比较

3 M.homophaera细胞器基因组结构圈图

3)分析M.homophaera同源基因。


4 M.homophaera与其它近源物种的同源基因比较

4)分析M.homophaera基因功能信息。

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5 KEGG功能注释

5阐明M.homophaera对富营养化湖泊的适应机制。

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6 M.homophaera碳水化合物代谢、营养运输和感光效应


6构建M.homophaera生物质能代谢通路。

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7 M.homophaera脂肪酸生物合成途径(a)TCA(甘油脂质)代谢途径(b)


该研究的高通量测序及部分生物信息学分析服务由我公司提供。宏众百德专注于高通量测序及生物信息分析技术在微生态及藻类研究中的应用。本研究获得藻种全基因组精细图,并通过生物信息分析深度分析解释各种生物学问题。

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